Trener Kent-Harry Andersson prowadził Flensburg od 2003 roku. Już w pierwszym sezonie udało mu się zdobyć wicemistrzostwo Niemiec. Jednak największe sukcesy zespołu przyniósł rok 2004. Wtedy to Flensburg z Marcinem Lijewskim w składzie sięgnął po mistrzostwo i puchar Niemiec oraz awansował do finału Ligi Mistrzów, gdzie nie sprostał Celje Pivovarnie Lasko. Później jeszcze 4 razy zajmował drugie miejsce w Bundeslidze, za każdym razem ulegając tylko drużynie THW Kiel. W 2007 roku Zebry ponownie okazały się lepsze, tym razem w finale Ligi Mistrzów.
Za kadencji szwedzkiego trenera zawodnikiem Flensburga był także Damian Moszczyński
W obecnym sezonie zespołowi Anderssona nie wiodło się już tak dobrze, a czarę goryczy przelała porażka Z THW Kiel oraz odpadnięcie z Pucharu Niemiec z pojedynku z Rhein-Neckar Lowen. Flensburg po 17 kolejkach zajmuje piąte miejsce ze stratą dziesięciu punków do prowadzącego THW.
Obowiązki tymczasowego szkoleniowca zespołu obejmie drugi trener Per Carlèn.
