W pierwszej części kwalifikacji, przeznaczonej dla słabszych zawodników, najlepiej spisali się Maverick Vinales oraz Bradley Smith. Tym samym Hiszpan i Brytyjczyk pozostali w walce o pole position. Już na tym etapie z rywalizacji odpadli m. in. Scott Redding oraz Danilo Petrucci.
W kolejnej części kwalifikacji rekordowy czas okrążenia ustanowił Dani Pedrosa. Hiszpan osiągnął wynik 1:59.053, co jest nowym rekordem toru Sepang. Drugie miejsce zajął Marc Marquez, który stracił do swojego kolegi z zespołu 0.409 s. "MM93" miał szansę pobić rezultat Pedrosy, ale w dwunastym zakręcie stracił panowanie nad motocyklem i był bliski upadku.
Bardzo dobrze taktycznie kwalifikacje rozegrał Valentino Rossi. "Doctor" swój pierwszy czas osiągnął holując się za Andreą Iannone. Pod koniec sesji kwalifikacyjnej Włoch poprawił swój rezultat, co dało mu miejsce w pierwszym rzędzie. 36-latek wypchnął z niego Jorge Lorenzo.
Lorenzo, który podczas czwartego treningu zanotował niegroźny upadek, stracił pewność siebie i podczas kwalifikacji nie dysponował najlepszym tempem. Czwarty wynik "Por Fuery" oznacza, że dopiero po raz drugi w tym sezonie osiągnął on gorszy wynik w kwalifikacjach niż Rossi.
Wyniki kwalifikacji do wyścigu o Grand Prix Malezji:
| Pozycja | Zawodnik | Zespół | Czas/strata |
|---|---|---|---|
| 1 | Dani Pedrosa | Repsol Honda Team | 1:59.053 |
| 2 | Marc Marquez | Repsol Honda Team | +0.409 |
| 3 | Valentino Rossi | Movistar Yamaha MotoGP | +0.673 |
| 4 | Jorge Lorenzo | Movistar Yamaha MotoGP | +0.684 |
| 5 | Cal Crutchlow | LCR Honda | +1.146 |
| 6 | Andrea Iannone | Ducati Team | +1.171 |
| 7 | Andrea Dovizioso | Ducati Team | +1.370 |
| 8 | Maverick Vinales | Suzuki Team Ecstar | +1.425 |
| 9 | Bradley Smith | Monster Yamaha Tech3 | +1.599 |
| 10 | Hector Barbera | Avintia Racing | +1.671 |
| 11 | Aleix Espargaro | Suzuki Team Ecstar | +1.671 |
| 12 | Pol Espargaro | Monster Yamaha Tech3 | +1.741 |
Czy Dani Pedrosa wygra wyścig o Grand Prix Malezji? 
