Jedynym zespołem w karierze Kowalskiego był Górnik Wałbrzych. Ten mierzący 182 cm rozgrywający w wałbrzyskim teamie grał od 1999 roku aż po obecny sezon.
W tegorocznych rozgrywkach Kowalski nie miał zbyt wielu okazji do zaprezentowania swoich umiejętności. Wystąpił tylko w 5 spotkaniach, w których średnio na parkiecie spędzał 3,2 minuty. W tegorocznych rozgrywkach łącznie zanotował 1 zbiórkę, 4 asysty i 1 przechwyt. Niestety nie udało mu się zdobyć choćby jednego punktu.
Włodarze wałbrzyskiego klubu uznali, iż zarobki finansowe Kowalskiego nie były adekwatne do jego wkładu w rezultaty Górnika. Ta sama sytuacja dotyczyła Jacka Dymarskiego i Michała Sarana, którzy przystali jednak na nowe warunki umowy. - Zgodnie z decyzją zarządu klubu postanowiliśmy renegocjować warunki umów z trzema koszykarzami. Stwierdziliśmy, że ich wkład w osiągane przez zespół wyniki, nie jest adekwatny do zarabianych przez nich pieniędzy - mówi Janusz Kozłowicz, dyrektor klubu.
Marcin Kowalski nie zgodził się na obcięcie zarobków i musiał opuścić szeregi drużyny z Wałbrzycha. W tej sytuacji klub dał mu wolną rękę. Tym samym wychowanek wałbrzyskiego teamu już może szukać sobie nowego klubu.
