Morata był związany z Realem od 2008 roku, a I zespole występował od sezonu 2010/2011. Nigdy nie przebił się do wyjściowego składu Królewskich: przez cztery sezony rozegrał w białej koszulce 51 meczów, ale na boisku spędził raptem 1585 minut i zdobył dziewięć bramek.
[ad=rectangle]
W lipcu 2014 roku za ok. 20 mln euro przeniósł się do Juventusu Turyn. Real wydał latem na transfery ponad 100 mln euro, więc trudno mówić o zbilansowaniu budżetu sprzedażą reprezentanta Hiszpanii, ale oferta Starej Damy była nie do odrzucenia, biorąc pod uwagę, że mówimy o żelaznym rezerwowym Królewskich.
W Turynie Morata gra częściej i choć sezon nie dobiegł jeszcze końca, 23-letni Hiszpan rozegrał już więcej minut (2051) niż przez cały pobyt w Madrycie, a w 43 występach w drużynie Massimiliano Allegriego zdobył 13 bramek. Nie jest to dorobek rzucający na kolana, ale aż cztery gole zdobył w sześciu meczach fazy pucharowej Ligi Mistrzów, prowadząc Starą Damę do finału rozgrywek.
Dwa trafienia zaliczył w półfinałowym dwumeczu z Realem (2:1, 1:1), mszcząc się zatem na swoim poprzednim klubie. Czterokrotny reprezentant Hiszpanii nie jest jednak pierwszym niechcianym na Santiago Bernabeu napastnikiem, który już przy pierwszej możliwej okazji wyrzucił Królewskich z Ligi Mistrzów.
Latem 2003 roku Real postanowił zrezygnować z usług Fernando Morientesa, który w sześciu poprzednich sezonach zdobył dla niego aż 96 bramek. Nim zdążył odejść na roczne wypożyczenie do AS Monaco, utorował Królewskim drogę do fazy grupowej Ligi Mistrzów, zdobywając dwie bramki w pierwszym meczu III rundy eliminacji z Wisłą Kraków (2:0). Morientes pojawił się na placu gry dopiero w 68. minucie i po chwili strzelił pierwszego gola, by w doliczonym czasie przypieczętować zwycięstwo.
Parę dni po rewanżu na Santiago Bernabeu Morientes wylądował w AS Monaco, z którym w tej samej edycji Ligi Mistrzów dotarł aż do finału, a po drodze jego nowy zespół - przy niemałym jego udziale - wyrzucił za burtę rozgrywek właśnie Real. W pierwszym, rozegranym w Madrycie spotkaniu wszystko poszło po myśli Galacticos, którzy zwyciężyli 4:2. Ich triumf mógł być okazalszy, ale w 90. minucie rozmiary porażki Francuzów zmniejszył Morientes, który - podobnie jak w środę Morata - stłumił radość po zdobyciu gola.
W rewanżu Real szybko objął prowadzenie i wydawało się, że jest już w półfinale Champions League, ale drużynie Didiera Deschampsa udało się wstać z kolan i jeszcze przed przerwą po asyście Morientesa do wyrównania doprowadził Ludovic Giuly, a tuż po zmianie stron prowadzenie Monaco dał Morientes. Tym razem Hiszpan nie powstrzymywał radości i fetował zdobycie bramki razem z kolegami. W 66. minucie swojego drugiego gola strzelił Giuly i legendarni Galacticos musieli przełknąć gorzką pigułkę. Co ciekawe, Morientesowi asystował Patrice Evra, który teraz jest klubowym kolegą Moraty z Juventusu.
Morata zamknął przed Królewskimi drogę do obrony trofeum, ale sam może zostać piątym piłkarzem w historii Ligi Mistrzów, który wygrał te rozgrywki rok po roku. Wcześniej udało się to tylko Marcelowi Desailly'emu (1993 z Olympique Marsylia i 1994 z AC Milanem), Paulo Sousie (1996 z Juventusem Turyn i 1997 z Borussią Dortmund), Gerardowi Pique (2008 z Manchesterem United i 2009 z FC Barceloną) oraz Samuelowi Eto'o (2009 z Barceloną i 2010 z Interem Mediolan).