Probierz przejął stery w drużynie latem 2008 roku, kiedy zastąpił na stanowisku trenera pierwszej drużyny Stefana Białasa. W pierwszym sezonie osiągnął postawiony przed nim cel - utrzymał Jagę w elicie, zajmując 9. miejsce. Nie było to łatwe zadanie, gdyż rozpoczął budowę zespołu praktycznie od podstaw, wymieniając kilkunastu zawodników.
W obecnym sezonie 37-letni trener został rzucony na głęboką wodę. Musi utrzymać zespół w ekstraklasie, mimo bagażu dziesięciu ujemnych punktów, którymi Jagiellonia została ukarana za udział w aferze korupcyjnej. Mimo że byt żółto-czerwonych nie jest jeszcze pewny, to wydaje się, że zespół, z formą jaką obecnie prezentuje, nie ma prawa spaść do pierwszej ligi.
Żółto-czerwoni pod batutą Probierza są również blisko osiągnięcia historycznego sukcesu. Białostoczanie w pierwszym meczu półfinału Pucharu Polski pokonali na wyjeździe Lechię Gdańsk i od trofeum dzielą ich zaledwie dwa kroki.
Liczby Michała Probierza w Jagiellonii:
Sezon 2008/09:
Ekstraklasa: 9 zwycięstw, 7 remisów, 14 porażek (bramki: 28:34).
Puchar Polski: 1 zwycięstwo, 1 remis (bramki: 1:0)
Puchar Ekstraklasy: 2 zwycięstwa, 2 remisy, 2 porażki (bramki: 10:8).
Sezon 2009/10:
Ekstraklasa: 9 zwycięstw, 9 remisów, 6 porażek (bramki: 26:22).
Puchar Polski: 4 zwycięstwa, 1 porażka (bramki: 9:2).
Ogółem: 25 zwycięstw, 19 remisów, 23 porażki (bramki: 74:66).
