Kowalczyk reprezentuje Dynamo od lutego 2008 roku. Przez pierwsze dwa lata był podstawowym zawodnikiem drużyny. Miejsce w składzie stracił dopiero wiosną 2010 roku, ale pod koniec sezonu (w Rosji grano system wiosna-jesień) wywalczył je na nowo. Ogółem dla moskiewskiego klubu rozegrał 54 spotkania.
- Jestem bardzo zadowolony, że zostaję w Dynamo. Zawsze czułem się tutaj bardzo dobrze, więc kiedy pojawiła się nowa oferta z klubu, przyjąłem ją bez cienia wątpliwości - przyznaje Kowalczyk, o którym w ostatnim czasie wspominano w kontekście przenosin do Red Bulla Salzburg, Lokomotiwu Moskwa czy Polonii Warszawa. - Miałem inne propozycje, ale Dynamo miało pierwszeństwo. Prosto z siedziby klubu jadę na zgrupowanie przed nowym sezonem - mówi siedmiokrotny reprezentant Polski.
