Barcelona wygrała w 1/8 Copa del Rey z Villarreal 1:0 i awansowała do półfinału rozgrywek. Zagra w niej także Racing Santander z Ebim Smolarkiem. Barcelona czwartkowy mecz okupiła jednak kontuzją Puyola, który z powodu urazu nie zagra także w towarzyskim meczu reprezentacji Hiszpanii z Francją. Nie wystąpi również w pierwszym meczu Ligi Mistrzów z Celtikiem Glasgow.
Puyol ma problemy z kontuzjami niemal od początku tego sezonu. Pod koniec września 29-letni obrońca wrócił po urazie kolana. Później grał regularnie, ale teraz znowu czeka go miesięczna przerwa.
W tym sezonie zagrał w szesnastu meczach Primera Division.