Filip Burkhardt jest wychowankiem drużyny Maczki Poznań. W 2003 roku trafił do rezerw Amici Wronki. Szybko przeniósł się do pierwszej drużyny w barwach, której grał przez trzy sezony. W drużynie z Wronek zaliczył 38 występów w ekstraklasie i zdobył 5 bramek. W ciągu kolejnego sezonu trafiał aż do trzech klubów. Grał kolejno w Lechu Poznań, Widzewie Łódź (zagrał tam dwa mecze w ekstraklasie) i Jagiellonii Białystok. Następnie występował w Młodej Ekstraklasie w zespole Lecha Poznań. Ostatnie pół roku spędził w grającym na zapleczu ekstraklasy Turze Turek. Do drużyny Warty trafił na zasadzie wolnego transferu.
Celem Warty Poznań w nadchodzącym sezonie z pewnością będzie walka o spokojne utrzymanie. Działacze muszą dokonać, więc niezbędnych wzmocnień. W środę Przegląd Sportowy podał, że z klubem rocznym kontraktem związał Filip Burkhardt.
