Do rozgrywek już teraz przystąpią zespoły ze zdecydowanej większości lig, ale póki co nie zobaczymy klubów z tych najwyżej notowanych lig. Od drugiej rundy do rozgrywek przystąpi 11 ekip, które wywalczą awans z Pucharu Intertoto. Później czeka nas pierwsza runda, do której przystąpią także kluby, które odpadną z trzeciej rundy kwalifikacji Ligi Mistrzów.
Zespoły, które zdołają zakwalifikować się do pierwszej rundy powalczą o awans do fazy grupowej. W niej zobaczymy już tylko 40 drużyn, te stworzą 8 grup, a z każdej awans do dalszych gier wywalczą po trzy zespoły. Dodatkowo w 1/16 finału zobaczymy 8 klubów, które zajmą trzecie miejsce w fazie grupowej Ligi Mistrzów.
Od tego etapu UEFA CUP będzie już rozgrywane tradycyjnym systemem pucharowym. Faworytem rozgrywek jest AC Milan, który niespodziewanie nie zagra w Champions League. Jak jednak wiadomo, wspomniany klub jeszcze nigdy nie wygrał Pucharu UEFA i niewykluczone, że podobnie jak Bayern Monachium w poprzednim sezonie nie sprosta oczekiwaniom.
W poprzednim sezonie w UEFA CUP niespodziewanie triumfował Zenit St. Petersburg. Był to zarazem drugi zespół z Rosji, któremu udało się zwyciężyć w tych rozgrywkach. Bez cienia wątpliwości podopieczni Dicka Advocaata byli rewelacją Pucharu UEFA.
Pary 1. rundy Pucharu UEFA:
FK Khazar Lenkoran - Lech Poznań
Legia Warszawa - FK Homel
Czernomorec Warna - Sant Julia
Pelister - APOEL Nikozja
FC Vaduz - NK Żrinjski
HK Siroki Brijeg - FC Partizan
Hapoel Kiryat FC - FK Mogren
FC Koper - KS Vllaznia
NK Ljubljana - FK Zeta
Juvenes Dogana - Hapoel Tel Aviv
Hajduk Split - Birkirkara FC
FC Milano - AC Omonia
Marsaxlokk FC - Slaven Koprivnica
FC Salzburg - FC Banants
Gyori Eto FC - FC Zestaponi
Ararat Erywań - AC Bellinzona
FC Dacia Kiszyniów - FK Borac
FC Toboł Kostanaj - Austria Wiedeń
Hertha Berlin - FC Nistru Otaci
Spartak Trnava - FC WIT
MTZ RIPO Mińsk - MSK Żilina
Szachtior Karaganda - VSC Debreczyn
Olimpik Baku - FK Vojvodina
FH Hafnarfjordur - CS Grevenmacher
FK Vetra Wilno - Viking FK
FC Racing Union - Kalmar FF
FC Honka Espoo - Akranes
Glentoran FC - SK Liepajas Metalurgs
Brondby Kopenhaga - B36 Torshavn
FC Nordsjaelland - TVMK Tallin
EB Streymur - Manchester City
JFK Olimps - St. Patrick's Athletic
Djurgarden FF - FC Flora
FC Suduva - The New Saints FC
Cliftonville FC - FC Kopenhaga
Cork City FC - FC Haka
FC Midtjylland - Bangor City FC