Oznacza to, że od sezonu 2014/15 rozgrywki w tej klasie rozgrywkowej toczyć się będą w jednej 18-zespołowej grupie. Aktualnie rozgrywki prowadzone są w systemie dwugrupowym z podziałem na grupę wschodnią i zachodnią.
Ustalono, że zespoły, które w sezonie 2013/2014 II ligi zajmą miejsca 9-18 w tabeli każdej grupy, w następnym sezonie będą występować we właściwej terytorialnie grupie III ligi. Po zakończeniu rozgrywek III ligi w sezonie 2013/2014 do II ligi awansują dwa kluby wyłonione w meczach barażowych spośród mistrzów poszczególnych grup III ligi.
Jednocześnie zarząd PZPN zobowiązał Okręgowe Związki Piłki Nożnej do przeprowadzenie do końca sezonu 2013/2014 konsultacji wśród klubów trzecioligowych, dotyczących reorganizacji na tym poziomie rozgrywek. Do końca nadchodzącego sezonu kluby III ligi w porozumieniu z OZPN mają podjąć decyzję w sprawie kształtu reformy rozgrywek III-ligowych, której efekty poznamy na starcie sezonu 2015/2016.