O Jana Kirchhoffa z 1.FSV Mainz zabiegały topowe niemieckie kluby. Piłkarz mając to na uwadze, nie przedłużył kontraktu i po sezonie 2012/2013 mógł zmienić barwy na zasadzie wolnego transferu. Wyścig po młodzieżowego reprezentanta kraju wygrał Bayern Monachium. - Konkurencja jest naprawdę duża, ale nie mogę się już doczekać treningów i gry w nowym klubie. Jestem przekonany, że Bayern to właściwy wybór - przyznawał.
Pep Guardiola wystawił Kirchhoffa tylko 11-krotnie. Zawodnik nigdy nie wystąpił w podstawowym składzie i już po pół roku trafił na wypożyczenie do Schalke 04. W Gelsenkirchen nękały go kontuzje, wskutek czego przez półtora sezonu zaliczył tylko 16 spotkań ligowych. Nie było więc zaskoczeniem, że klub zrezygnował z przeprowadzenia transferu definitywnego.
Kirchhoff latem 2015 roku wrócił do Bayernu z problemami zdrowotnymi. Odkąd się z nimi uporał, kilka razy został włączony do meczowej "18", ale nie zaliczył żadnego występu. Teraz - jak poinformował magazyn "Kicker" - został odesłany przez trenera do IV-ligowych rezerw Bayernu i w niedzielę wystąpił w derbach z drugim zespołem TSV 1860 Monachium. W styczniu 25-latek będzie mógł zmienić klub, o ile znajdzie się chętny na jego usługi. Kontrakt Kirchhoffa wygasa 30 czerwca 2016 roku.
