Swoją przygodę z piłką nożną uzdolniony młodzian Marek Krotofil rozpoczynał w juniorskiej drużynie Górnika Czerwionka. Stamtąd został szybko zauważony przez działaczy wielokrotnego mistrza Polski juniorów Gwarka Zabrze. Barwy drużyny z reprezentował w latach 2006-08. Jesienią 2008 roku talent uzdolnionego zawodnika dostrzegli skauci Górnika, którzy ściągnęli go do największego zabrzańskiego klubu, aby podniósł siłę defensywną drużyny Trójkolorowych występującej w Młodej Ekstraklasie.
W meczach drużyny trenera Marka Piotrowicza obrońca pokazywał się z bardzo dobrej strony i otrzymał szansę gry w pierwszej drużynie. Wystąpił w dwóch spotkaniach Pucharu Ekstraklasy, wyróżniając się pewnością i skutecznością w swoich interwencjach. Uzdolniony stoper przebywał z Górnikiem na dwóch zagranicznych zgrupowaniach w Tunezji i na Cyprze zachwycając swoją postawą szkoleniowca zabrzan, Henryka Kasperczaka, który upatrzył w nim idealnego następcę Tomasza Hajto, który zimą Zabrze opuścił.
Dobra postawa zawodnika w meczach Młodej Ekstraklasy, w której zagrał w 27. razy, dwukrotnie trafiając do siatki rywala i trzy razy oglądając żółte kartki. Uzdolnionego młodziana w Górniku za wszelką cenę chcą zatrzymać. Sam zawodnik jest także skłonny do pozostania w utytułowanym śląskim klubie na dłużej. Jeśli umowa dojdzie do finalizacji Krotofil dołączy do niemałej już kolonii byłych gwarkowiczów w Górniku. Podobną drogę w przeszłości przeszli m.in. Adam Danch czy Dawid Jarka, którzy w przyszłym sezonie będą pełnić znaczące role w drużynie 14-krotnych mistrzów Polski.