Były selekcjoner reprezentacji Polski od samego początku wymieniany był jako jeden z głównych faworytów do objęcia posady trenera Azotów. Obok niego na giełdzie nazwisk pojawiali się między innymi Lino Cervar, Władimir Maksimow i Lars Walther.
Kowalczyk podpisał z Azotami roczny kontrakt. Według oficjalnej strony internetowej puławskiego klubu asystentami nowego-starego trenera będą Piotr Dropek i Marcin Kurowski. Sytuacja ta będzie ciekawa zwłaszcza dla tego ostatniego, który z Kowalczykiem miał już okazję współpracować przed dwoma laty i właśnie po nim przejął funkcję pierwszego szkoleniowca nadwiślańskiej ekipy.
Do tej pory Kowalczyk w Puławach pracował trzykrotnie. W 2005 roku doświadczony szkoleniowiec wprowadził Azoty do ekstraklasy, a półtorej roku później - obejmując posadę pierwszego trenera w trybie awaryjnym - uratował zespół przed degradacją. Trzecia przygoda byłego selekcjonera nad Wisłą naznaczona została pierwszym w historii klubu awansem do półfinału mistrzostw Polski oraz występem w ćwierćfinale Challenge Cup.