Rafał Bugajski na stanowisku drugiego trenera MTS-u Chrzanów zastąpił Henryka Bromboszcza. Doświadczony szkoleniowiec pracę z chrzanowskim klubem rozpoczął w listopadzie 2006 roku, kiedy to piłkarze ręczni z Małopolski borykali się z brakiem formy. Dołączenie do sztabu szkoleniowego Henryka Bromboszcza było impulsem dla chrzanowian, który w rundzie rewanżowej prezentowali się bardzo dobrze i z ostatniego miejsca w tabeli awansowali na szóste.
Rafał Bugajski od wielu lat jest związany z chrzanowskim klubem jako zawodnik. Swoje umiejętności trenerskie do tej pory miał okazję doskonalić trenując młodych szczypiornistów PMOS Chrzanovii.