W pierwszym po 20 latach przerwy sezonie w ekstraklasie krakowianie jako beniaminek zajęli 5. miejsce w lidze, a na kwadrans przed zakończeniem meczu ostatniej kolejki z Amiką Wronki byli w Pucharze UEFA, ale w nieprawdopodobny sposób w parę minut roztrwonili dwubramkową przewagę, przegrywając 2:3 i porzucając marzenia o grze w Europie. Krok od historycznego wyczynu była drużyna prowadzona przez Wojciecha Stawowego, który objął Pasy jeszcze w III lidze i w dwa lata wprowadził ją do elity, a trzon zespołu stanowili gracze, którzy grali jeszcze w III i II lidze. W połowie sezonu 2005/2006 Stawowy odszedł jednak z Cracovii i chociaż w 13 meczach rundy wiosennej Pasy pod dowództwem Albina Mikulskiego i Stefana Białasa zdobyły zaledwie 12 punktów, wypracowany jesienią dorobek pozwolił im na zajęcie bezpiecznego miejsca na koniec sezonu. Był to już jednak pierwszy sygnał alarmowy...
W pierwszych 9 kolejkach sezonu 2006/2007 z Białasem na ławce Cracovia zdobyła 9 punktów i sympatycznego szkoleniowca zastąpił Stefan Majewski. Twardoręki "Doktor" zaprowadził w drużynie swoje porządki, które szybko przyniosły skutek. Pasy odbiły się od dna, przerwę zimową spędzając z dziewięciopunktową przewagą nad strefą spadkową, a cały sezon na 4. miejscu, co było najlepszym wynikiem od kilkudziesięciu lat.
Wydawało się, że chociaż warsztat Stawowego i Majewskiego różni się diametralnie, prezes Janusz Filipiak znalazł godnego następcę trenera, który wyciągnął Cracovię z futbolowej otchłani. Rozgrywki 2007/2008 zweryfikowały to jednak negatywnie. To pierwszy sezon, w którym ekipie z Kałuży 1 przyszło się bronić przed spadkiem na zaplecze ekstraklasy. Po 17 meczach rundy jesiennej Pasy miały na koncie 16 punktów i tylko 5 "oczek" przewagi nad strefą spadkową. W przerwie zimowej sprowadzono Piotra Polczaka, Łukasza Tupalskiego, Arpada Majorosa oraz Karola Gregorka i chociaż dwaj ostatni okazali się "niewypałami", to stoperzy Polczak i Tupalski wiosną zaliczyli całkiem udaną rundę - w 13 meczach Cracovia straciła 11 bramek, przy 21 w 17 meczach rundy jesiennej. Inną sprawą jest, że dopiero pod namową zawodników tuż przed startem rundy rewanżowej Majewski porzucił system gry trzema obrońcami, któremu był wierny od lat, na rzecz czteroosobowego bloku obronnego.
Pierwszemu zagrożeniu Cracovia odpór dała dość łatwo, ale najgorsze dopiero się zbliżało. Obejmując w październiku 2006 roku Pasy Majewski zapowiedział, że tak naprawdę będzie można oceniać jego pracę na jesień 2008 roku, kiedy stworzy swój "autorski zespół", jak sam raczył mówić. I stworzył. Po dwóch latach eksperymentów "Doktora" na pasiastym organizmie po raz pierwszy po powrocie do ekstraklasy po 10. kolejce sezonu 2008/2009 z 7 punktami na koncie Cracovia znalazła się na ostatnim miejscu w tabeli. Majewski zapłacił za to posadą, a schedę po nim przejął Artur Płatek. W pozostałych do końca roku 7 meczach podwoił dorobek drużyny, ale Pasy po raz pierwszy "zimowały" w strefie spadkowej i... zaczęła się pierwsza rewolucja kadrowa.
W przerwie zimowej sezonu 2008/2009 Cracovia przeprowadziła aż 7 transferów. Do klubu trafili Maciej Murawski, Łukasz Mierzejewski, Łukasz Derbich, Paweł Sasin, Mariusz Sacha, Damian Misan i Bartosz Ślusarski i na dwie kolejki przed końcem Pasom udało się opuścić strefę spadkową, ale po remisie w ostatnim meczu sezonu w Poznaniu z Lechem wróciły na przedostatnie miejsce w tabeli. Nie oznaczało to jednak spadku z ligi, ponieważ licencji na grę w ekstraklasie w kolejnym sezonie nie otrzymał Łódzki Klub Sportowy i zgodnie z regulaminem został przesunięty na ostatnią pozycję, co "wypchnęło" Cracovię na powierzchnię.
Nie wyciągnięto jednak wniosków z tego sezonu i Płatek otrzymał kolejną szansę. Latem Cracovię zasilili tylko Jakub Grzegorzewski i Konrad Cebula, a Płatek po dwóch porażkach w dwóch pierwszych meczach został zwolniony i jego miejsce zajął Orest Lenczyk, który w ostatnich dniach sierpnia sprowadził Michała Golińskiego, Łukasza Merdę i Radosława Matusiaka, ale na pół roku stracił Ślusarskiego, który zerwał więzadła w kolanie. Lenczyk szybko wyciągnął Pasy ze strefy spadkowej i na koniec rundy jesiennej zespół miał na koncie 20 punktów (6 "oczek" przewagi nad spadkowiczami). Zimą nie doszło do wielkich zmian. W klubie pojawili się Krzysztof Kaliciak, Wojciech Łuczak, Georgij Owsjannikow i Aleksandr Suworow, ale tylko ten ostatni został graczem pierwszej "11". Względy spokój Pasów został zmącony na dwie kolejki przed końcem sezonu, kiedy po porażkach z Polonią Warszawa i GKS-em Bełchatów przewaga nad strefą spadkową zmalała do 5 punktów. W 29. kolejce Cracovię czekały derby z Wisłą, a w ostatnim meczu wyjazd na Piast Gliwice, czyli bezpośrednio konkurenta w walce o utrzymanie. Do ostatniej minuty derbów z Białą Gwiazdą Pasy przegrywały 0:1, ale wtedy po dośrodkowaniu Suworowa Mariusz Jop w niepowtarzalny sposób skierował piłkę do własnej siatki, dzięki czemu Cracovia zapewniła sobie pozostanie w lidze bez względu na wynik meczu w Gliwicach, który grając bez presji wygrała 1:0.
Kilka tygodni po zakończeniu sezonu drogi Cracovii i Lenczyka rozeszły się. Doświadczony szkoleniowiec miał inną wizję pracy niż prezes Filipiak i jego miejsce zajął Rafał Ulatowski. Były asystent Leo Beenhakkera w reprezentacji Polski samodzielnie prowadził w ekstraklasie Zagłębie Lubin i GKS Bełchatów, z którymi zajmował 5. miejsce na koniec sezonu. Wydawało się więc, że sprawdzi się w Krakowie, tym bardziej, że przed sezonem 2010/2011 Pasy sięgnęły głęboko do kieszeni i sprowadziły 7 nowych graczy, w tym Saidiego Ntibazonkizę czy Arkadiusza Radomskiego. Skutek był opłakany - w 10 ligowych meczach pod wodzą "Uli" Cracovia zdobyła... 4 punkty i była wściekle czerwoną latarnią ligi. Karkołomnej misji ratowania ekstraklasy dla Pasów podjął się Jurij Szatałow. W jego debiucie Cracovia pechowo w doliczonym czasie gry przegrała derby z Wisłą, w kolejnym meczu zremisowała 2:2 z Widzewem w Łodzi, a w trzecim gładko uległa Jagiellonii Białystok 2:4 i traciła do bezpiecznego miejsca aż 11 punktów. W ostatnim meczu rundy Pasy podejmowały GKS-Bełchatów i po 50 minutach przegrywały 0:2, by ostatecznie wygrać 3:2.
To zwycięstwo napędziło przygotowania do rundy wiosennej i dało krakowianom wiarę w utrzymanie. Zimą doszło w prawdziwej rewolucji. Szatałow odsunął od pierwszej drużyny aż 12 zawodników, a w ich miejsce sprowadził 11 nowych: Szymona Gąsińskiego, Wojciecha Kaczmarka, Vule Trivunovicia, Bojana Puzigacę, Łukasza Nawotczyńskiego, Andraża Strunę, Mateusza Bartczaka, Vladimira Boljevicia, Aleksejsa Visnakovsa, Pavola Masaryka i Piotra Gizę. Chociaż Pasy zaczynały wiosnę z dziewięciopunktową stratą do bezpiecznego miejsca, na kolejkę przed końcem dzięki efektownemu zwycięstwu z Jagiellonią Białystok przed własną publicznością opuściły strefę spadkową, przeskakując Arkę Gdynia i Polonię Bytom. W ostatniej kolejce Cracovia grała w Bełchatowie, Arka we Wrocławiu ze Śląskiem, a Polonia z Legią w Warszawie. Drużyna Szatałowa przegrała 0:1, ale na jej szczęście Arka i Polonia zostały zdeklasowane przez walczących o wicemistrzostwo Polski rywali. Z jednej strony Szatałow dokonał cudu, utrzymując Cracovię w ekstraklasie, ale z drugiej duży udział w tym miała fatalna wiosenna forma Arki i Polonii. Gdynianie w 15 wiosennych meczach zdobyli 11 punktów, a bytomianie 10 "oczek".
Co ciekawe, w 19 meczach minionego sezonu Arkę prowadził obecny trener Cracovii Dariusz Pasieka. W tych 19 spotkaniach żółto-niebiescy zdobyli 19 punktów. Pasy poprowadził w 10 ligowych meczach i zdobył w nich 12 punktów.
Jak Cracovia walczyła o ligowy byt:
2007/2008
na koniec sezonu: 7. miejsce, 39 pkt (13 nad strefą spadkową), bramki: 30-32
runda jesienna: 12. miejsce, 16 pkt, bramki: 11-21
runda wiosenna: 6. miejsce, 23 pkt, bramki: 19-11
2008/2009:
na koniec sezonu: 14. miejsce, 30 pkt (bez przewagi nad strefą spadkową), bramki: 24-40
runda jesienna: 15. miejsce, 14 pkt, bramki: 10-21
runda wiosenna: 10. miejsce, 16 pkt, bramki: 14-19
2009/2010:
na koniec sezonu: 12. miejsce, 34 pkt (7 nad strefą spadkową), bramki: 25-39
runda jesienna: 10. miejsce, 20 pkt, bramki: 13-20
runda wiosenna: 11. miejsce, 14 pkt, bramki: 12-19
2010/2011:
na koniec sezonu: 14. miejsce, 29 pkt (1 nad strefą spadkową), bramki: 37-47
runda jesienna: 16. miejsce, 8 pkt, bramki: 16-31
runda wiosenna: 9. miejsce, 21 pkt, bramki: 21-16
2011/2012:
runda jesienna: 15. miejsce, 14 pkt (1 do bezpiecznej pozycji), bramki: 9-19
na Instagramie 
na Facebooku 
