To pierwsza selekcjonerska posada w karierze szkoleniowej 63-letniego Włocha, który wcześnie prowadził czołowe kluby najlepszych europejskich lig. Od 1991 roku pracował w Napoli, Fiorentinie, Valencii, Atletico Madryt, Chelsea Londyn, Parmie, Juventusie Turyn, Romie, Interze Mediolan, a w dwóch ostatnich latach był trenerem AS Monaco.
[ad=rectangle]
Jego CV nie jest jednak bogate w trofea. Ma na koncie zwycięstwo w Pucharze i Superpucharze Włoch z Fiorentiną w 1996 roku, triumf w Pucharze Hiszpanii z Valencią w 1999 roku i w Superpucharze Europy z tym samym klubem w 2004 roku. Ponadto Fiorentinę w 1994 roku wprowadził do Serie A, a AS Monaco w 2013 roku do Ligue 1.
Fernando Santos był selekcjonerem reprezentacji Grecji od 2010 roku. Podczas Euro 2012 awansował z nią do ćwierćfinału, a w czasie ostatniego mundialu doprowadził ją do 1/8 finału.