Pasmo największych osiągnięć gdyńskiego klubu przypadło na pierwszą połowę lat 80-tych, gdy silny mecenat finansowy nad klubem roztoczyła miejscowa stocznia. Największe sukcesy klubu to: 6. miejsce w I-lidze, w debiutanckim sezonie 1980/81, półfinał Pucharu Polski w roku 1985 oraz wicemistrzostwo Polski juniorów U-19 w 1982 roku. Po raz ostatni na szczeblu ekstraklasy biało-niebiescy grali w sezonie 1987/88. W sumie spędzili tu 7 sezonów, a do tego trzeba doliczyć aż 19 lat na zapleczu ekstraklasy. W 1996 roku Bałtyk spadł z II ligi i później było już tylko gorzej. Klub powoli staczał się w piłkarską otchłań aż do IV ligi. Obecnie trwa etap odbudowy tego klubu z tradycjami. Zawodnikami z popularną bałtycką mewą na piersi byli m.in.: Zdzisław Puszkarz, Tomasz Korynt, Zdzisław Rozborski, Andrzej Czyżniewski, Czesław Michniewicz, Piotr Rzepka, Andrzej Zgutczyński, Dariusz Jaskulski, Daniel Dubicki czy Andrzej Bledzewski.
Prezesem Bałtyku jest obecnie prawnik Ryszard Stopa, zarząd klubu liczy 4 osoby, a zespół posiada ponad 30-osobowe grono sponsorów. Obecna nazwa klubu to tradycyjne "SKS" Bałtyk Gdynia, ale już nie Stoczniowy KS, a Stowarzyszenie Klub Sportowy Bałtyk. Piłkarze grający w biało-niebieskich trykotach awans odnieśli pod wodzą trenera Jerzego Jastrzębowskiego gromadząc w 30 meczach III-ligowych, 63 punkty, przy bilansie bramkowym 58-22. W całych rozgrywkach doznali tylko 7 porażek i byli niepokonani na własnym stadionie przy ulicy Olimpijskiej. Podopieczni Jastrzębowskiego wyprzedzili o 5 punktów Błękitnych Stargard Szczeciński i o 6 oczek - Gryfa Słupsk. Najskuteczniejszymi strzelcami zespołu byli: młody Dariusz Kudyba (obecnie testowany przez Arkę) - zdobywca 13 bramek, doświadczony Wojciech Pięta - jeden gol mniej, oraz Łukasz Nadolny i Robert Szudrowicz - strzelcy 9 bramek.
Po długo oczekiwanym awansie zarząd klubu niespodziewanie podziękował dotychczasowemu trenerowi, a nowym szkoleniowcem zespołu z dzielnicy Redłowo, z dniem 01 lipca został były gracz i jeden z najlepszych zawodników w historii Bałtyku - Piotr Rzepka, znany głównie z występów w zabrskim Górniku, a także 7 lat spędzonych w klubach francuskich (m.in. Bastia, Guingamp czy Ajaccio). Jako trener Rzepka największy sukces odniósł z GKS Jastrzębie, który objął w sierpniu 2006 roku, na przedostatnim miejscu w tabeli ówczesnej III-ligi śląskiej, aby po 10 miesiącach świętować awans do II (obecnej I) ligi. Kibice w Jastrzębiu-Zdroju na taki wyczyn swoich ulubieńców czekali aż 17 lat! Czy również fanom biało-niebieskich - popularnym "Kadłubom" dane będzie wkrótce świętować awans na zaplecze ekstraklasy? To okaże się wkrótce. Póki co, zarząd nie wywiera presji na nowego szkoleniowca, a realnym zadaniem ma być spokojny środek tabeli i budowa młodego zespołu - opartego na wychowankach - zdolnego w najbliższej przyszłości powalczyć o awans.
Na razie więc w klubie przy Olimpijskiej trwa wielkie testowanie zawodników oraz rozgrywanie sparingów, które mają jak najlepiej przygotować beniaminka do rozgrywek II-ligowych. Dodajmy, że Komisja PZPN ds. Licencji Klubowych dla II ligi przyznała Bałtykowi licencję upoważniającą do udziału w rozgrywkach sezonu 2009/2010. Od nowego sezonu piłkarze Bałtyku, podobnie jak Arki rozgrywać będą mecze na głównej płycie stadionu GOSiR przy ulicy Olimpijskiej w Gdyni. Dotychczas, w IV lidze zmuszeni byli grać na bocznym boisku. W nowym sezonie Bałtykowcy będą występowali w nowych, tradycyjnie biało-niebieskich, strojach przygotowanych przez firmę Colo - producenta odzieży i sprzętu sportowego z Kędzierzyna-Koźla, który został sponsorem technicznym wybrzeżowego klubu.
