Pastor pracuje w węgierskim klubie od 2013 roku. Hiszpan szybko doprowadził zespół z Segedynu do sporych sukcesów. W pierwszym sezonie pod jego wodzą MOL-Pick triumfowało w rozgrywkach Pucharu EHF, a rok później dotarło do ćwierćfinału Ligi Mistrzów, po drodze eliminując Rhein-Neckar Löwen.
Dla Pastora to dopiero drugi klub w trenerskiej karierze. Wcześniej 48-latek dwukrotnie prowadził Cuatro Rayas Valladolid, najpierw w latach 1995-2003, a następnie w 2008-2013.
Hiszpan największe sukcesy jako szkoleniowiec święcił jednak jako trener reprezentacji Hiszpanii. W 2005 roku prowadzona przez niego drużyna zdobyła mistrzostwo świata, a rok później na mistrzostwach Europy wywalczyła srebro. Zwieńczeniem jego przygody z kadrą był brąz Igrzysk Olimpijskich 2008 w Pekinie.
Oprócz Pastora, kontrakt z ekipą z Segedynu przedłużył jego asystent, Milorad Krivokapić. Zawodnikiem MOL-Pick jest Piotr Wyszomirski.