Vive Tauron i Orlen Wisła zostały zwolnione z gry na tym etapie ze względu na uczestnictwo w rozgrywkach grupowych Ligi Mistrzów i wyjątkowo napięty terminarz. Obie ekipy dołączą do zmagań w 1/8 finału.
Do rywalizacji w 1/16 finału stanie natomiast czternaście pozostałych drużyn PGNiG Superligi oraz zwycięzcy wojewódzkich eliminacji wyłonieni spośród klubów I i II ligi. Wyjątkiem jest Wielkopolska, która ma dwóch przedstawicieli.
Pary 1/16 finału ustalone zostały na podstawie klucza geograficznego, z założeniem, że drużyny z PGNiG Superligi nie mogą trafić na siebie, a rolę gospodarza ma pełnić klub z niższego szczebla rozgrywek.
Spotkania 1/16 finału zostały wstępnie zaplanowane na 14 grudnia. O awansie decyduje jeden mecz, bo rewanże nie będą rozgrywane.
ZOBACZ WIDEO #dziejesiewsporcie: Rosjanin zdemolował rywala w pierwszej rundzie
Kolejne etapy rozgrywek odbędą się w 2017 roku. 1/8 finału zaplanowana została na 4 lutego, ćwierćfinały na 5 kwietnia, półfinały na 14 kwietnia i 10 maja (rewanż), a finał na 27 maja 2017.
Związek Piłki Ręcznej w Polsce zrezygnował tym samym z systemu z turniejem Final4, który obowiązywał od rozgrywek 2010/11.
1/16 finału PGNiG Pucharu Polski mężczyzn:
Gwardia Koszalin - Sandra Spa Pogoń Szczecin
MKS Wieluń - Wybrzeże Gdańsk
Spójnia Gdynia - Meble Wójcik Elbląg
AZS UW Warszawa - MMTS Kwidzyn
AZS AWF Biała Podlaska - KPR RC Legionowo
Real Astromal Leszno - Piotrkowianin Piotrków Trybunalski
KSSPR Końskie - KS Azoty Puławy
SPR PWSZ Tarnów - SPR Stal Mielec
SRS Czuwaj Przemyśl - NMC Górnik Zabrze
LKPR Moto-Jelcz Oława - KPR Gwardia Opole
UKS Olimp Grodków - Zagłębie Lubin
Kancelaria Andrysiak Stal Gorzów - Chrobry Głogów
KS Bestios Białystok - Warmia Traveland Olsztyn
MKS Kalisz - Olimpia MEDEX Piekary Śląskie
Vive Tauron Kielce - wolny los
Orlen Wisła Płock - wolny los
Czy zmiana systemu rozgrywek Pucharu Polski mężczyzn jest dobra? 
Wątpię żeby Piotrkowianin chciał wygrać bo przecież "Liga ważniejsza" :D