Ponownie pojawił się na lodzie i w pierwszym meczu z Toronto w grudniu 2000 roku zdobył gola i zaliczył dwie asysty. W 2006 roku definitywnie zakończył karierę. W 915 meczach zdobył 690 bramek i miał 1033 asysty (1723 pkt w "klasyfikacji kanadyjskiej"). Trzy razy zdobywał tytuł dla najlepszego hokeisty ligi.
Bez Lemieux nie byłoby hokeja w jego ukochanym mieście. Rok później ponownie uratował zespół "Pingwinów". Władze NHL nakazały klubowi budowę nowej hali, na którą brakowało pieniędzy.
W sprawę zaangażował się kanadyjski gwiazdor. W marcu 2007 roku ogłosił przed meczem z Buffalo Sabres, że zespół zostaje w mieście, bo powstanie nowy obiekt. Dwa lata później znowu triumfował jako właściciel, kiedy Penguins sięgnęli po Puchar Stanleya.
- Chciałbym być zapamiętany jako ktoś, komu udało się coś zrobić z hokejem w naszym mieście. Byliśmy na końcu, a mamy za sobą trzy mistrzostwa - powiedział Lemieux.
